Ao Núcleo de Jardins Botânicos compete a coordenação, a gestão e a preservação do Jardim Botânico de Lisboa e do Jardim Botânico Tropical, competindo-lhe, designadamente:
a) Gerir, conservar e desenvolver as coleções cultivadas do Jardim Botânico de Lisboa e do Jardim Botânico Tropical, mantendo a integridade do património e assegurando a sua fruição por todos os públicos;
b) Manter as zonas de circulação, sinalética, materiais interpretativos e infraestruturas de apoio aos visitantes;
c) Gerir os trabalhos das equipas de jardineiros;
d) Colaborar na implementação do plano de segurança, bem como garantir o planeamento e coordenação de situações de emergência.